Dari seluruh rangkaian kegiatan yang diadakan, baik sebelum maupun saat pelaksanaan Kongres, dengan memperhatikan suara-suara yang disampaikan, ide dan gagasan yang dilontarkan, pertanyaan-pertanyaan yang diajukan dan jawaban-jawaban yang disimpulkan, baik dari peserta, pengamat, maupun narasumber, Kongres Ulama Perempuan Indonesia (KUPI) mengeluarkan catatan-catatan sebagai rekomendasi bagi para pihak untuk bisa mengimplementasikan sesuai dengan kapasitas masing-masing. Rekomendasi terdiri dari dua: umum dan tematik. Rekomendasi umum adalah catatan umum atas seluruh isu keislaman, kebangsaan, dan kemanusiaan. Rekomendasi ini telah dibacakan di panggung penutupan Kongres, pada 27 April 2017, oleh Ibu Nyai Hj. Fatmawati Hilal dari Makasar.

Rekomendasi tematik adalah catatan-catatan akhir yang dihasilkan dari diskusi paralel sembilan tema Kongres Ulama Perempuan Indonesia yang ditujukan pada individu, kelompok masyarakat tertentu, institusi tertentu, atau pemerintah. Sembilan isu yang dimaksud adalah [1] pendidikan keulamaan perempuan, [2] respons pesantren terhadap keulamaan perempuan, [3] kekerasan seksual, [4] pernikahan usia anak, [5] buruh migran, [6] radikalisme agama, [7] pembangunan desa, [8] krisis dan konflik kemanusiaan, dan [9] perusakan alam. Diskusi ini diselenggarakan pada hari kedua Kongres, Rabu 26 April 2017, jam 13.30-16.30, di kelas-kelas Pondok Pesantren Kebon Jambu al-Islamy, Babakan Ciwaringin Cirebon. Para peserta dan pengamat Kongres dibagi sesuai dengan minat masing-masing untuk mengikuti salah satu dari sembilan tema yang ada.